巡航は、上昇後の一定の高度を安定して飛行する部分をいい、通常、この部分が一連の飛行で最も長い時間となる。
巡航方式
巡航には、おもに以下の方式があり、目的や状況により使い分けられています。
・高速巡航（HSC : High Speed Cruise）
通常マッハ0.80～0.86の速度を保って巡航する方式で、所要時間の短縮が重要になる競合路線やビジネス路線で採用されてる。
・最大航続距離巡航（MRC : Maximum Range Cruise）
燃費が最大となる速度で巡航する方式で、速度が多少遅く、速度より燃費を重視する貨物機などで採用されている。
・長距離巡航（LRC : Long Range Cruise）
燃料消費で機体が軽くなるにつれ速度を減少させていく方式で、燃費を１％犠牲にして得られる速度で巡航する。
目的地以外の空港に向かうときや、臨時着陸をする際などに採用される。
・経済巡航（ECON : ECONomy cruise）
燃費だけではなく、整備費，人件費，保険料,着陸料等の含めたコストから割りだされた速度で巡航する方式で、
現在この方式が主流となっている。
また、長距離を飛行する場合、燃費が最大となる高度は、燃料消費による機体重量の減少と共に高くなってくる。
そのため、最適な燃費が得られる機体重量と飛行高度を表す特性曲線にしたがい上昇する上昇巡航を行うのが望ましい。
しかし、実際には管制の制限や、運行操作が煩雑になることからステップ・アップ(Step Up Cruise)巡航方式が採用されている。
近距離での巡航
国内線などの近距離間での運行でも経済巡航（ECON）が採用されているが、上昇巡航やテップアップ巡航はしていない。
近距離では搭載燃料が少ないため燃費が最大となる高度が高く、その高度を採用すると、その高度に達したらすぐ降下しなければならず
機内サービスの時間などが確保できなくなる。そのため、近距離間での運行では燃費が最大となる高度より低めを一定に巡航している。
そして、上昇、巡航、下降の一連の運行で燃費が最大の高度が選択されている。
巡航時の推力
巡航中のエンジン推力は、最大巡航推力 (MCR: Maximum CRuise thrust) が決められており、この範囲内で使用される。
なお、この最大巡航推力には、使用時間の制限はなく連続して使用できる。